在较高海拔的地区,生长着一些亚山地的橡木与针叶林,一些只有在较高海拔地区出现的树蕨类也在这里繁衍。
在马来西亚,升旗山是作为多种植物栖息地科学研究的主要地点。以往,植物学家踏遍世界各地来到槟城采取植物标本。升旗山也是生物多样性极为丰富的地区,拥有大量当地独有的物种,一些珍稀物种因现生存环境的威胁而频临绝种。
频临绝种的物种包括:寄生植物Exorhopalia ruficeps,这是一种生长在阴暗潮湿的地下的植物。槟城特有的拖鞋兰 (Paphiopedilum barbatum) 由于被过度采挖,即将快速消失。比较令人庆幸的是,几年前濒临绝种的金缕梅Maingaya malayana重新被发现并得到了传播与繁殖。